A partir de 1858 comienzan a cruzar la cordillera en forma masiva motivadospor la cantidad de ganado vacuno y equino de las Pampas Argentinas y las fuertes presiones y guerras con los españoles. Esto hace que se conviertan en nómades, mezclándose con los pueblos naturales de Mendoza, La Pampa , Buenos Aires y Patagonia, produciéndose lo que se llama el fenómeno de Araucanización.
Las nuevas generaciones araucanizadas enfatizaron los ataques a chacras, ciudades y aldeas, por lo cual el Virreinato del Río de A principios del siglo un aluvión del Diamante arrasa las 2/3 partes del fuerte quedando en ruinas y el 10 de diciembre de 1942 fue declarado Monumento Histórico Nacional.
En 1860 entra en escena
En 1883 Rodolfo Iselín, pionero amigo de Ballofet, da base al proyecto de formación de la colonia Francesa atrayendo a nuevos inversores en la actividad pastoril, en frutales y vid. En 1903, llega el ferrocarril a San Rafael, haciendo más fuerte la comercialización de productos con Buenos Aires.
Por Decreto Provincial con fecha 7 de octubre de 1922 es declarada Ciudad
En la década del 80´ las inclemencias climáticas, hacen que se produzca una caída agrícola y el auge del turismo aventura comienza a perfilarse; se inicia la era del turismo como alternativa de un producto que sabe aprovechar los recursos naturales que ofrece el Departamento de San Rafael, transformándose en un polo turístico por excelencia en